Im Slowakischen Nationalaufstand, der am 29. August 1944 ausbrach, haben auch mehrere slowakische Deutsche gekämpft. Am aktivsten waren die Mitglieder der verbotenen kommunistischen Partei – vor allem aus dem ostslowakischen Bezirk Gelnica, aber auch aus einigen Gemeinden des mittelslowakischen Hauerlandes.
Die Gemeinde Zeche – heute Malinová – wo eine starke deutsche Gemeinschaft lebte, wurde als kleines Moskau bezeichnet. Von hier stammte die Mehrheit der Teilnehmer des Aufstandes. Sie waren in zwei Partisanengruppen konzentriert, die „Ernst Thälmann“ hießen. Die genaue Zahl der Deutschen, die am Aufstand teilnahmen, ist bisher nicht bekannt. Sie und ihre Familien wurden nach der Niederschlagung des Aufstandes von den Nazionalsozialisten verfolgt, viele von ihnen wurden in die Konzentrationslager abtransportiert, wo manche auch den Tod fanden. Vor 1938 sympatisierten also nicht alle in der Slowakei lebenden Deutschen mit der Karpatendeutschen Partei (später Deutsche Partei - DP). Die Partei wurde nach dem Oktober 1938 vom „Dritten Reich“ unterstützt. Die vom Vorsitzenden der DP Franz Karmasin proklamierte Einheit aller Deutschen in der Slowakei war eine Illusion. Der Haß zwischen Slowaken und Deutschen sei laut Historikern auf die Aktivitäten der DP zurückzuführen. Dies kam am meisten zum Vorschein eben während des Slowakischen Nationalaufstandes. Die Partisanen hielten die deutsche Bevölkerung im Prinzip für einen Feind, slowakische Deutsche waren davon überzeugt, daß die Aktivitäten der Aufständischen gegen sie gerichtet werden. Deshalb wurden unverzeihliche Taten gegen unschuldige Zivilisten begangen – wie z. B. in der Gemeinde Sklené, wo 187 Menschen getötet wurden. Karpatendeutsche wurden auch in den Aufenthaltslagern konzentriert und gegen deutsche Truppen eingesetzt.
